Der 1. FC Union Berlin wird in Rahmen der Herausbildung von eigenständigen Fußballclubs in der DDR am 20. Januar 1966 gegründet. Als Vorgängervereine beruft man sich auf den 1906 gegründeten FC Olympia Oberschöneweide, den daraus 1909 entstandenen SC Union Oberschöneweide und der 1948 gegründeten Sportgemeinschaft gleichen Namens.

1950 qualifiziert sich Union Oberschöneweide für die Endrunde um die Deutsche Meisterschaft. Die sowjetische Besatzungsmacht verbietet den Unionern die Teilnahme an der Endrunde. Darauf hin spaltet sich ein Großteil der Mannschaft ab und geht in den Westteil Berlins und gründen den SC Union 06 Berlin. Andere Vereinsmitglieder gründen den BBC Südost oder spielen bei der SG Union Oberschöneweide weiter. In Ost-Berlin wird 1951 die SG Union Oberschöneweide in die Betriebssportgemeinschaft (BSG) Motor Oberschöneweide eingegliedert. Im Februar 1955 wird die Mannschaft in den Sportclub (SC) Motor Berlin integriert. Am 16. Juni 1957 wird durch Zusammenschluss des SC Motor Berlin mit den Betriebssportgemeinschaften Motor Oberschöneweide, Motor Oberspree, Motor Wuhlheide/Schöneweide und Motor Ostend der Turn- und Sportclub (TSC) Oberschöneweide gebildet. Der TSC fusioniert am 18. Februar 1963 mit den Sportclubs Einheit Berlin und Rotation Berlin zum TSC Berlin. Mit der Gründung des 1. FC Union wird 1966 das sportpolitische Bäumchen-wechsle-dich-Spiel beendet.

Der 1. FC Union Berlin wird 1968 DDR-Pokalsieger.

 Trotz des Pokaltitels zu DDR-Zeiten musste der 1. FC Union bis 2001 warten, um erstmals ein Spiel in einem Europapokalwettbewerb bestreiten zu können. Bedingt durch die Ereignisse des Prager Frühlings wurde die erfolgte Auslosung zur 1. Runde von der UEFA annulliert und eine Neuauslosung unter Trennung nach West- und Ostblock-Verbänden durchgeführt. In der ersten Auslosung wird Union gegen die jugoslawische Vertretung des FK Bor gelost, bei der Neuauslosung wird Dynamo Moskau zugelost. Aus Protest ziehen einige Ost-Verbände, darunter der DFV der DDR, ihre Mannschaften zurück. 2001 kann dank des DFB-Vizepokals und der Teilnahme des FC Schalke 04 an der Champions League erstmals im UEFA-Cup gestartet werden.