Der Sportclub (SC) 06 Berlin wird am 9. Juni 1950 als eine der Abspaltungen der SG Union Oberschöneweide gegründet. 1950 qualifiziert sich Union Oberschöneweide für die Endrunde um die Deutsche Meisterschaft. Die sowjetische Besatzungsmacht verbietet den Unionern die Teilnahme an der Endrunde. Darauf hin spaltet sich ein Großteil der Mannschaft ab und geht in den Westteil Berlins. Andere Vereinsmitglieder gründen den BBC Südost oder spielen bei der SG Union Oberschöneweide weiter. Am 9. August 1995 erfolgt eine Fusion mit der SG Oberschöneweide (Juli 1992 gegründet) und der Umbenennung in SC Union 06 Oberschöneweide. Ein knappes Jahr später, am 30. Juni 1996 wird die Fusion gelöst und der alte Name SC Union 06 Berlin wieder angenommen.

In den 1990er Jahre gibt es Ambitionen zur Annäherung der Vereine Union 06 und 1. FC Union. So werden Jugendspieler vom 1. FC Union bei Union 06 integriert, was auch einen Qualitätsanstieg auslöst und der Aufstieg in die Verbandsliga gelingt. Ab 1995 gibt es dann verstärkte Aktivitäten, um das Erbbaurecht an der Alten Försterei, welches von Union 06 beansprucht wird. Doch die 06er können sich nicht durchsetzen und es wird zum allgemeinen Rückzug geblasen. In der Hinrunde 1995/96 wird noch im Ernst-Thälmann-Stadion in der Wuhlheide gespielt, ab der Rückrunde dann wieder im Poststadion.